Landet styrdes av olika provisoriska regeringar, och allmänna val utlystes till juni 1966. Snart uppstod paramilitära dödsskvadroner, som öppet tolererades och stöddes av statspolisen.
Inte förrän i september 1966 lämnade de sista amerikanska styrkorna landet. Efter sig lämnade de ett land som för lång tid framöver skulle präglas av dödsskvadroner, tortyr och usla ekonomiska förhållanden. Kring 1990 hade uppåt en miljon av landets invånare flytt illegalt till USA.
